Doktorský studijní program je zaměřen na získání hlubokých znalostí dějin, významných aspektů společenského vývoje a myšlenkových a ideologických systémům moderní doby. Tou rozumíme epochu od nástupu osvícenství (tedy cca od 17. století v západní Evropě, v poměrech habsburské monarchie s určitým zpožděním cca od poloviny 18. století), kdy dochází k výrazným proměnám fungování státu, k převratu v ideové sféře včetně zásadní změny vztahu k etablovaným náboženstvím i k proměně socioekonomických poměrů. Studium poskytuje doktorandkám a doktorandům rozsáhlé teoreticko-metodologické a faktografické znalosti včetně seznámení se soudobými výsledky vědeckého výzkumu a aktuálními odbornými diskusemi. Zároveň je jeho část směřována prakticky – doktorandky a doktorandi získají schopnosti potřebné pro vědeckou práci spočívající ve vytváření různých typů odborného textu, účastech na konferencích, badatelských pobytech v zahraničí i tvorbě projektové žádosti.